Galvenā atšķirība starp sintēzi un kolinearitāti ir tā, ka sintēze ir ģenētisko lokusu fiziska līdz lokalizācija vienā un tajā pašā hromosomā sugās, savukārt kolinearitāte ir ģenētisko lokusu fiziska līdzlokalizācija vienā un tajā pašā hromosomā dažādās sugās, saglabājot to pašu kārtību.
Sintēze un kolinearitāte ir divi termini, kurus genomikā lieto savstarpēji. Abi termini apraksta gēnu lokalizācijas modeļus dažādu sugu hromosomās. Šie saistītie taksonu gēnu izvietojumi ir vērtīga informācija, secinot par kopīgu gēnu izcelsmi. Sintēze attiecas uz ģenētisko lokusu fizisku līdz lokalizāciju sugās tajā pašā hromosomā. Kolinearitāte attiecas uz ģenētisko lokusu fizisku līdz lokalizāciju vienā un tajā pašā hromosomā dažādās sugās, saglabājot to pašu kārtību. Tāpēc tā ir sava veida sintēze.
