Galvenā atšķirība starp komplementāciju un rekombināciju ir tāda, ka komplementācija ir divu mutantu spēja kombinācijā atjaunot normālu fenotipu, savukārt rekombinācija ir ģenētiskā materiāla apmaiņa starp hromosomām, kā rezultātā notiek hromosomu fiziskas izmaiņas.
Papildināšana un rekombinācija ir divi jēdzieni, kas ražo ģenētiski atšķirīgus organismus. Papildināšana atjauno normālo fenotipu, kad divi mutanti apvienojas, savukārt rekombinācijas rezultātā organismam ir mainīts ģenētiskais sastāvs, pateicoties ģenētiskā materiāla apmaiņai starp organismiem.
