Galvenā atšķirība starp esteri un ēteri ir tā, ka estera funkcionālā grupa ir –COO, savukārt ētera funkcionālā grupa ir –O-.
Esteris un ēteris ir organiskas molekulas ar skābekļa atomiem. Esteriem ir grupa –COO. Šeit viens skābekļa atoms ir saistīts ar oglekli ar dubulto saiti, bet otrs skābeklis ir saistīts ar vienu saiti. Tā kā tikai trīs atomi savienojas ar oglekļa atomu, tam apkārt ir trigonāla plakana ģeometrija. Turklāt oglekļa atoms ir hibridizēts sp 2. Turklāt esteris ir karbonskābes atvasinājums. Ēterim savukārt ir skābekļa atoms ar divām atsevišķām saitēm ar divām alkilgrupām vai arilgrupām. Skābekļa atomam ir arī divi vientuļi elektronu pāri.
