Galvenā atšķirība starp taksonomiju un sistemātiku ir tāda, ka taksonomija ir disciplīna organismu klasificēšanai taksonos, sakārtojot tos ļoti sakārtotā veidā, savukārt sistemātika ir plašā bioloģijas joma, kas pēta sugu dažādošanu.
Taksonomija un sistemātika ir ļoti cieši saistītas disciplīnas bioloģijā. Tomēr pastāv interesantas atšķirības starp taksonomiju un sistemātiku. Šo abu ļoti līdzīgās dēļ daudzi no mums varētu sagaidīt, ka tiem ir līdzīga nozīme. Tāpēc ir rūpīgi jāizpēta šīs divas disciplīnas, lai izprastu faktisko atšķirību starp taksonomiju un sistemātiku, jo daudzi no mums, ieskaitot pamata biologus, varbūt kaut kādā neizpratnē.
