Galvenā atšķirība starp augšupejošo un lejupejošo papīra hromatogrāfiju ir tāda, ka augšupejošā papīra hromatogrāfija ietver šķīdinātāja kustību augšup, savukārt lejupejošā papīra hromatogrāfija - šķīdinātāja kustību lejup.
Papīra hromatogrāfija ir hromatogrāfijas paņēmiens, kurā analizējamā maisījuma komponenti tiek sadalīti un sadalīti starp šķidrajām fāzēm. Parasti papīra hromatogrāfijā ūdeni izmanto kā vienu šķidruma fāzi; Analīzei izmantotā filtrpapīra porās esošais ūdens ir stacionārā fāze, kamēr kustīgā fāze pārvietojas pa šo stacionāro fāzi.