Galvenā atšķirība starp gēla filtrēšanu un gēla caurlaidības hromatogrāfiju ir tāda, ka gēla filtrācijas hromatogrāfijas kustīgā fāze ir ūdens šķīdums, savukārt gēla filtrācijas hromatogrāfijas kustīgā fāze ir organisks šķīdinātājs.
Gan želejas filtrēšana, gan gēla caurlaidības hromatogrāfija ietilpst izmēru izslēgšanas hromatogrāfijas kategorijā, kurā mēs varam atdalīt molekulas šķīdumā atkarībā no to lieluma. Tas ir, dažreiz mēs varam atdalīt molekulas pēc to molekulmasas. Parasti mēs izmantojam šīs metodes, lai atdalītu sarežģītas molekulas, piemēram, olbaltumvielas, un rūpnieciskā mērogā, lai atdalītu polimēru materiālus. Galvenā atšķirība starp gēla filtrēšanu un gēla caurlaidības hromatogrāfiju ir mobilajā fāzē, kuru mēs izmantojam katrā tehnikā.
