Galvenā atšķirība starp alēli un genotipu ir tāda, ka alēle ir viena no gēna variantu formām, kas atrodas tajā pašā hromosomas ģenētiskajā lokusā, savukārt genotips ir noteiktas pazīmes ģenētiskā uzbūve.
Ģenētika ir organismu gēnu un iedzimtu modeļu izpēte. Hromosomas ir struktūras, kas satur organisma ģenētisko informāciju. Tāpēc eikariotos genomā ir noteikts hromosomu skaits. Katrā hromosomā ir tūkstošiem gēnu, kas ir specifiski hromosomu reģioni. Faktiski gēni ir ģenētikas struktūras vienības, kas uzglabā ģenētisko informāciju olbaltumvielu ražošanai. Katram gēnam ir divas kopijas, kas nāk no katra vecāka.
Līdzīgi alēle ir gēna variants vai gēna forma. Turklāt katram gēnam ir divas alēļu formas, kas nosaka gēna kodēto raksturlielumu. Tādējādi genotips ir organisma ģenētiskais sastāvs, ko nosaka alēļu sadalījums dažādos gēnos.
