Galvenā atšķirība starp cisģenēzi un intragēzi ir tāda, ka cisģenēzē gēni tiek ievadīti, nemainot DNS secību, un gēniem ir savs promoters, introni un terminatora sekvences, savukārt intragenēzē gēnus var veidot, izmantojot citu augu ģenētiskos elementus ar tādu pašu seksuāli saderīgu genofondu.
Transgenēze ir saņēmēja auga ģenētiskā modifikācija ar jebkura auga, kas nav augs, vai donora auga gēniem, kas ir seksuāli nesaderīgs ar saņēmēja augu. Cisgenesis un intragenesis ir divi alternatīvi jēdzieni transgenesis. Abi notiek starp krustojamām sugām. Cisgenesis attiecas uz saņēmēja auga ģenētisko modifikāciju ar dabisku gēnu no seksuāli saderīga auga. Savukārt intragēze ļauj izmantot jaunas gēnu kombinācijas, kas radušās funkcionālu ģenētisko elementu in vitro pārkārtošanas rezultātā. Tomēr abu jēdzienu pamatā ir vienas sugas vai cieši radniecīgu sugu gēnu izmantošana, kas ir savstarpēji saderīgi. Tādējādi intragēze un cisģenēze ir identiski genofondam, kas pieejams parastajai audzēšanai.
