Galvenā atšķirība starp stomatiem un aizsargšūnām ir tā, ka stomatāti ir poras, kas atrodas lapu, stublāju utt. Epidermā, savukārt aizsargšūnas ir šūnas, kas ieskauj un regulē stomu atvēršanos un aizvēršanos.
Elpošana un fotosintēze ir divi dzīvībai svarīgi procesi. Abos procesos gāzes apmaiņa ir svarīga. Stomata un apsardzes šūnas atvieglo šo gāzes apmaiņas darbu augos. Šeit apsardzes šūnas ir parenhīmas šūnas, un tās ir šūnas, kas ieskauj stomatus. Aizsardzības šūnas kontrolē transpirāciju, kas ir būtisks augu process, kas uztur augus veselīgus. Turklāt aizsargšūnas satur hlorofilus. Tādējādi viņi spēj arī fotosintezēt.
