Galvenā atšķirība starp endogēniem un eksogēniem antigēniem ir tā, ka endogēnais antigēns rodas šūnās, kamēr eksogēnais antigēns iekļūst ķermenī no ārpuses.
Antigēns ir molekula vai viela, kas reaģē uz specifiskas imūnās atbildes produktu un stimulē antivielu veidošanos. Šīs konkrētās molekulas antigēnums ir antigēna spēja izraisīt antivielu ražošanu. Arī antigēni var būt vai nu olbaltumvielas, vai polisaharīdi. Turklāt antigēnu prezentējošās šūnas (APC), piemēram, dendritiskās šūnas, ir starpnieki antigēna uzņemšanas, antigēna apstrādes un antigēna prezentācijas procesos. Turklāt atkarībā no imūnās aktivitātes antigēnus var klasificēt kā imūnogēnus, tolerogēnus vai alergēnus. Turklāt mēs varam arī klasificēt antigēnus pēc to izcelsmes kā eksogēnus vai endogēnus.
