Galvenā atšķirība starp mutagēnu un teratogēnu ir tā, ka mutagēns ir viela vai līdzeklis, kas izraisa izmaiņas indivīda DNS secībā, bet teratogēns ir līdzeklis, kas grūtniecības laikā nodara kaitējumu auglim vai embrijam, kas attīstās.
Mutagēni un teratogēni parasti ir ķīmiski līdzekļi. Tomēr fizikālie un bioloģiskie aģenti var darboties arī kā mutagēns vai teratogēns. Abi šie indivīdi var izraisīt ļoti kaitīgu vai letālu iedarbību. Tomēr biotehnoloģijas uzlabošana ir devusi jaunu ieskatu gan mutagēnu, gan teratogēnu jēdzienos.
