Galvenā atšķirība starp 1. fotosistēmu un 2. fotosistēmu ir tāda, ka 1. fotosistēmai ir reakcijas centrs, kas sastāv no hlorofila P700 molekulas, kas absorbē gaismu 700 nm viļņa garumā. No otras puses, II fotosistēmai ir reakcijas centrs, kurā ietilpst hlorofils - P680 molekula, kas absorbē gaismu pie 680 nm viļņa garuma.
Fotosistēmas ir hlorofila molekulu, papildu pigmenta molekulu, olbaltumvielu un nelielu organisko savienojumu kolekcija. Ir divas galvenās fotosistēmas; I fotosistēma (PS I) un II fotosistēma (PS II), kas atrodas augu hloroplastu tilakoīdu membrānās. Abi veic fotosintēzes gaismas reakciju. Attiecīgi augiem būtībā ir vajadzīgas abas šīs fotosistēmas. Tas ir tāpēc, ka elektronu attīrīšanai no ūdens ir nepieciešams vairāk enerģijas nekā ar gaismu aktivizētai fotosistēmai, ko es varu piegādāt. Līdz ar to fotosistēma II var absorbēt īsāka viļņa garuma (augstākas enerģijas) gaismu un savienoties tandēmā ar PS I, ļaujot veikt ciklisku elektronu plūsmu.
