Galvenā atšķirība starp protoksilēmu un metaksilēmu ir tā, ka protoksilēma ir pirmā izveidotā primārā ksilēma, kurai ir mazākas šūnas, īpaši šauri trauki un trahejas, savukārt metaksilēma ir vēlāk izveidojusies primārā ksilēma, kurai ir lielākas šūnas, it īpaši platāki trauki, un trahejas.
Ksilems ir viens no diviem augu asinsvadu audu veidiem. Ksilems veic ūdens un minerālvielu kustību augšup no saknēm līdz citām auga daļām. Tā ir cauruļveida struktūra, kas satur dažāda veida specializētas šūnas, ieskaitot trauka elementus, traheīdus, parenhīmu un šķiedras. Ir divi ksilēmu veidi kā primārais un sekundārais ksilems. Primārā ksilēma attīstās primārās izaugsmes laikā. Turklāt primārajam ksilēmam ir divas daļas: protoksilēma un metaksilēma. Gan protoksilēma, gan metaksilēma primārā augšanas laikā rodas no pro-kambija. Vispirms rodas protoksilēma, bet pēc protoksilēma - metaksilēma.
