Galvenā atšķirība starp pluripotentajām un multipotentajām cilmes šūnām ir tā, ka pluripotentajām šūnām ir iespēja diferencēties par jebkuru šūnu tipu no trim dīgļu slāņiem, savukārt multipotentās cilmes šūnas spēj attīstīties ierobežotā daudzumā specifisku šūnu tipu.
Dažām šūnām ir iespēja diferencēties cita veida specializētās šūnās. Šo spēju sauc par šūnu potenci. Kad šūna spēj diferencēties vairākos šūnu tipos, šai konkrētajai šūnai ir liela iedarbība. Tāpat cilmes šūnām ir liela šūnu spēja. Tās ir nediferencētas daudzšūnu organismu šūnas, kas var ātri sadalīties un diferencēties citos šūnu tipos. Attiecīgi ir divi galvenie cilmes šūnu veidi. Proti, tās ir embrija cilmes šūnas un pieaugušo cilmes šūnas. Pamatojoties uz spēju diferencēties šūnu tipos, dažas cilmes šūnas ir totipotentas, bet citas - pluripotentas un daudzspēcīgas. Pluripotentās cilmes šūnas var kļūt par jebkura veida šūnām trijos dīgļu slāņos, savukārt multipotentās cilmes šūnas var diferencēties īpašos šūnu tipos. Attiecīgi, embrija cilmes šūnas ir pluripotentas šūnas. No otras puses, asins cilmes šūnas ir daudzspēcīgas cilmes šūnas.
