Galvenā atšķirība starp pieaugušo un embrija cilmes šūnām ir tā, ka pieaugušo cilmes šūnas ir daudzspēcīgas, savukārt embrija cilmes šūnas ir pluripotentas.
Cilmes šūnas ir šūnu kategorija ar spēju sadalīties un attīstīties dažāda veida šūnās organismā. Tās atšķiras no parastajām šūnām, jo tās dalās un atjaunojas ilgākā laika posmā. Turklāt tās ir nespecializētas šūnas, kurām organismā nav specifiskas šūnu funkcijas. Viņiem ir iespēja diferencēties un kļūt par specializētām ķermeņa šūnām, piemēram, smadzeņu šūnām, asins šūnām un muskuļu šūnām. Pieaugušo cilmes šūnas un embrija cilmes šūnas ir divu veidu cilmes šūnas.
