Galvenā atšķirība starp endopeptidāzi un eksopeptidāzi ir tāda, ka endopeptidāze pārtrauc peptīdu saites olbaltumvielu molekulās, bet eksopeptidāze sašķeļ peptīdu saites olbaltumvielu molekulu galos.
Olbaltumvielas ir svarīgas makromolekulas, kas ir būtiskas lielākajai daļai bioķīmisko reakciju, kas notiek visos organismos. Dažādas aminoskābes savienojas kopā un veido šos proteīnus. Turklāt fermenti katalizē olbaltumvielu hidrolīzi atpakaļ aminoskābēs. Tie ir specifiski fermenti, kurus sauc par proteāzēm vai peptidāzēm. Tāpēc viņi spēj sadalīt olbaltumvielu peptīdu ķēdes aminoskābēs. Turklāt peptidāzes var būt endopeptidāzes vai eksopeptidāzes.
