Galvenā atšķirība starp porīniem un akvaporīniem ir tā, ka porīni ir ar ūdeni piepildītas poras un kanāli, kas atrodas baktēriju un eikariotu membrānās. Tikmēr akvaporīni ir membrānas olbaltumvielas, kas veido ūdenī selektīvus kanālus dzīvajās šūnās.
Dzīvo organismu šūnā pāri plazmas membrānai iziet un iziet dažādas molekulas. Tādējādi plazmas membrānā ir dažādi membrānas proteīni, lai uzturētu un regulētu molekulas, kas ienāk un iziet no šūnām. Porīni un akvaporīni ir divi šāda veida membrānas proteīni. No tām poras ir ar ūdeni piepildītas poras, kas atvieglo hidrofilo molekulu transportēšanu pa membrānu. Tikmēr akvaporīni ir ūdens selektīvie kanāli, kas īpaši ļauj ūdenim brīvi iziet cauri membrānai.
