Galvenā atšķirība starp pozitīvo un negatīvo jonizāciju masu spektrometrijā ir tā, ka pozitīvā jonizācija veido pozitīvi lādētos jonus, turpretī negatīvā jonizācija veido negatīvi lādētos jonus.
Masu spektrometrija jeb MS ir analītiskās ķīmijas paņēmiens, kas mēra jonu masas un lādiņa attiecību. Šīs metodes gala rezultāts ir masas spektrs, kas parādās kā intensitātes grafiks. Turklāt šis grafiks tiek veidots kā masas un lādiņa attiecības funkcija. Masu spektrometrijai mūsu izmantotais instruments ir masas spektrometrs. Ieviešot mūsu paraugu šajā instrumentā, parauga molekulas tiek jonizētas. Šeit pareizas jonizācijas tehnikas izvēle ir ļoti svarīga, jo tā ļoti ietekmē gala rezultātu. Ja mēs izmantojam reaģenta gāzi, piemēram, amonjaku, tas izraisīs parauga molekulu jonizāciju, veidojot vai nu tikai pozitīvus jonus, vai tikai negatīvus jonus, atkarībā no instrumenta iestatījuma.
