Galvenā atšķirība starp heterohromatīnu un euhromatīnu ir tā, ka heterohromatīns ir ļoti iesaiņota hromatīna forma, kas parasti ir neaktīva, savukārt eihromatīns ir brīvi iesaiņota hromatīna forma, kas parasti ir aktīva.
Hromatīns ir struktūra, kas satur hromosomas DNS virkni. Heterohromatīns un eihromatīns ir divi galvenie hromatīna veidi, kas atrodas šūnās. Starp heterohromatīnu un euhromatīnu ir atšķirība struktūras un funkcijas ziņā. Turklāt tie atšķiras arī no transkripcijas un replikācijas īpašībām.
