Galvenā atšķirība starp mezodermu un mezenhīmu ir tā, ka mezoderma ir viens no trim divpusēji simetrisku dzīvnieku dīgļu slāņiem, savukārt mezenhīms ir nediferencēti audi, kas atrodami embrija patiesajā mezodermā.
Diploblastiskajos dzīvniekos ķermeņa plāns ir salīdzinoši vienkāršs ar diviem šūnu slāņiem. Divi slāņi ir ārējais ektoderms un iekšējais endoderms. Ektermas šūnas ir vērstas pret apkārtējo vidi, un endodermas šūnas ir vērstas pret enteronu, kas ir dobums ar vienu atvērumu uz ārpusi. Atvere ir mute. Turklāt triploblastiskais stāvoklis ir stāvoklis, kad embrijā tiek izveidots trešais slānis, kas pazīstams kā mezoderma. Mezoderma atrodas starp ektodermu un endodermu, atdalot abus šūnu slāņus. Trešais slānis ir svarīgs ķermenim. Dažiem dzīvniekiem liela daļa mezodermas paliek nediferencēta un veido iepakojuma audu, kas pazīstams kā mezenhīms, kas atbalsta un aizsargā ķermeņa orgānus.
