Galvenā atšķirība starp DNS un cDNS ir tā, ka DNS satur gan eksonus, gan intronus, savukārt cDNS satur tikai eksonus.
DNS un cDNS ir divu veidu nukleīnskābes, kas sastāv no dezoksiribonukleotīdiem. DNS ir viena no vissvarīgākajām dzīvo organismu makromolekulām, kas veido genomu. Genomā ir visa organisma ģenētiskā informācija. Tas veido dažāda veida secības, ieskaitot eksonus, kas ir kodējošas sekvences, un intronus, kas nav kodējošas sekvences. No otras puses, cDNS vai komplementārā DNS ir vēl viena DNS forma, ko zinātnieki mākslīgi sintezē no mRNS molekulām. Tā kā cDNS rodas no mRNS veidnēm, tas nesatur nekodējošas sekvences vai intronus.
