Galvenā atšķirība starp mitohondriju DNS un hloroplastu DNS ir tāda, ka mitohondriju DNS atrodas eikariotu šūnu mitohondrijās, savukārt hloroplastu DNS ir augu šūnu hloroplastos.
Mitohondriji un hloroplasti ir divi svarīgi membrānai piesaistītie organelli eikariotu šūnās. Mitohondriji ir šūnu spēkstacijas. No otras puses, hloroplasti ir augu fotosintēzes vietas. Tiek uzskatīts, ka gan mitohondriji, gan hloroplasti ir radušies no prokariotu šūnām līdz eikariotu šūnām, izmantojot endosimbiozi. Šie divi organelli satur savu DNS. Lai gan šī DNS nav šūnas kodola DNS un nav svarīga šūnas darbībai, tā ir svarīga dažām viņu pašu šūnu organellu īpašībām.
