Galvenā atšķirība starp CDS un cDNS ir tā, ka CDS vai kodējošā secība ir tā transkripta daļa, kas faktiski tiek pārveidota olbaltumvielā, savukārt cDNS secība ir DNS secība, kas iegūta no mRNS ar reversās transkripcijas palīdzību.
Gēns ir nukleotīdu secība, kas kodē olbaltumvielu. Tas sastāv no dažādiem reģioniem kā promotera reģions, transkripcijas iniciēšanas vieta, eksoni, sākuma kodons, introni un stop kodons. Tādēļ gēnam ir gan kodējošas, gan nekodējošas sekvences. Kodēšanas sekvences jeb CDS attiecas uz eksoniem un diviem kodoniem, kas ir sākuma kodons un stop kodons. Tā ir secība, kas faktiski tiek pārveidota par olbaltumvielu. Turpretī cDNS ir DNS secība, kas iegūta no mRNS ar reversās transkripcijas palīdzību.
