Galvenā atšķirība starp ģenētisko karti un fizisko karti ir metodēs, ko izmanto genoma kartēšanā. Ģenerējot ģenētisko karti, gēnu sasaistes modeļu izpētei tiek izmantoti ģenētiskie marķieri un ģenētiskie lokusi, bet fiziskajā kartēšanā tiek izmantotas tādas molekulārās bioloģijas metodes kā Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) un Hybridization metodes.
Ģenētiskās kartes un fiziskās kartes divu veidu kartes, kas konstruētas, lai parādītu gēnus, kas atrodas hromosomās. Viņi iesaistās ģenētiskajā diagnostikā un lai prognozētu evolūciju attiecībā uz genoma analīzi. Turklāt viņi izmanto, lai analizētu attālumus starp gēnu lokusiem un gēnu polimorfismu analīzi.
