Galvenā atšķirība - AFLP pret RFLP
DNS pētījumiem ir milzīga nozīme filoģenētisko attiecību izpratnē un noteikšanā, ģenētisko slimību diagnosticēšanā un organisma genomu kartēšanā. Vairākas metodes, kas saistītas ar DNS analīzi, tiek izmantotas arī konkrēta gēna vai DNS secības identificēšanai nezināmas DNS baseinā. Tie ir pazīstami kā molekulārie marķieri. Pastiprinātā fragmenta garuma polimorfisms (AFLP) un ierobežojuma fragmenta garuma polimorfisms (RFLP) ir divi šādi molekulārie marķieri (metodes), kas izstrādāti molekulārajā bioloģijā, lai noteiktu ģenētiskās variācijas starp organismiem. Abas metodes ir vienlīdz svarīgas, un tām ir priekšrocības un trūkumi. Galvenā atšķirība starp AFLP un RFLP ir tā, ka AFLP ietver selektīvo sagremotās DNS PCR amplifikāciju, savukārt RFLP neietver selektīvu DNS fragmentu PCR amplifikāciju.
SATURS
1. Pārskats un galvenās atšķirības
2. Kas ir AFLP
3. Kas ir RFLP
4. Blakus salīdzinājums - AFLP vs RFLP
5. Kopsavilkums
Kas ir AFLP?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) ir svarīgs instruments molekulārajā bioloģijā un tiek plaši izmantots ģenētisko variāciju analīzē. AFLP pamatā ir fragmentētās genomiskās DNS specifiskā PCR amplifikācija un polimorfisma noteikšana ar autoradiogrāfiem, izmantojot gēla elektroforēzi. AFLP plaši palīdz identificēt ģenētiskās atšķirības dažādu karaļvalstu celmos vai cieši saistītās sugās, ieskaitot augus, dzīvniekus, baktērijas un sēnes. AFLP var veikt ar nelielu daudzumu nezināmu DNS paraugu. Tas neprasa iepriekšējas zināšanas par secību un zondu projektēšanu.
AFLP soļi
- DNS izolēšana
- DNS sagremošana ar restrikcijas endonukleāzēm
- Ierobežoto DNS fragmentu sasaistīšana ar adapteriem
- Fragmentu selektīva amplifikācija ar specifiskām restrikcijas vietām
- PCR produktu atdalīšana ar gēla elektroforēzi
- Gēla matricas vizualizācija ar autoradiogrāfu
AFLP ir jutīgāka un reproducējamāka metode, kuru var izmantot DNS profilēšanai vairākos taksonos, ieskaitot sēnītes, baktērijas, augus un dzīvniekus, bez iepriekšējām zināšanām par DNS sekvencēm. Tas palīdz identificēt nelielas atšķirības starp indivīdiem populācijās tā ļoti jutīgā rakstura dēļ. AFLP ir svarīga arī genoma kartēšanā, kriminālistikas pētījumos, vecāku testēšanā, genotipēšanā utt.
01. attēls: AFLP
Kas ir RFLP?
Ierobežojuma fragmentu garuma polimorfismi (RFLP) ir paņēmiens, ko izmanto, lai noteiktu ģenētiskās variācijas homoloģiskās DNS sekvencēs. Tā ir pirmā metode, kas izstrādāta DNS profilēšanai. Organismiem ir unikāli DNS pirkstu nospiedumi vai DNS profili. RFLP kalpo kā svarīgs līdzeklis, lai analizētu variācijas starp intraspecifisku vai cieši saistītu organismu DNS profiliem, jo homologām sekvencēm ir dažādas restrikcijas vietas (vietas), kas raksturīgas tikai konkrētam organismam. Ja homologo DNS sagremo ar specifiskām restrikcijas endonukleāzēm, tas radīs atšķirīgus DNS profilus, kas ir unikāli katram indivīdam. Tāpēcšīs metodes princips ir ģenētisko variāciju noteikšana starp organismiem, ierobežojot homologo DNS ar specifiskiem restrikcijas enzīmiem, un fragmenta garuma polimorfisma analīze, izmantojot gēla elektroforēzi un blotēšanu. Blotēšanas modeļi ir unikāli katram organismam un raksturo specifiskos genotipus.
RFLP darbības
- Pietiekama DNS daudzuma izolēšana no paraugiem
- DNS paraugu ar specifiskām restrikcijas endonukleāzēm sadrumstalotība īsā secībā
- Iegūto dažādu garumu fragmentu atdalīšana ar agarozes gēla elektroforēzi.
- Gēla profila pārnešana membrānā ar Southern blot metodi
- Membrānas hibridizācija ar marķētām zondēm un fragmenta garuma polimorfisma analīze katrā profilā
RFLP ir ļoti svarīga metode, lai noteiktu slimības mantojumu un atrastu slimības rašanās risku ģimenes locekļu vidū. RFLP bieži izmanto arī genoma kartēšanā, noziedznieku identificēšanā kriminālistikā, paternitātes testēšanā utt. RFLP ir arī vairāki ierobežojumi. Lai izveidotu zondes hibridizācijai, RFLP ir nepieciešamas iepriekšējas zināšanas par secības datiem. Tas arī prasa no parauga izolēt pietiekamu daudzumu DNS, lai to analizētu, un tas ir grūti tiesu medicīnas pētījumos.
01. attēls: RRFLP kartēšana
Kāda ir atšķirība starp AFLP un RFLP?
Atšķirīgs raksts vidū pirms tabulas
ALFP pret RFLP |
|
| AFLP ietver selektīvo sagremotās DNS PCR amplifikāciju. | RFLP neietver PCR, ja vien tas nav PCR-RFLP. |
| Secības zināšanas | |
| Iepriekšējas secības zināšanas nav nepieciešamas. | Izstrādātām RFLP zondēm ir nepieciešamas iepriekšējas zināšanas par secību. |
| Uzticamība | |
| Tas ir ticamāk. | Tas ir mazāk uzticams salīdzinājumā ar AFLP. |
| Efektivitāte polimorfisma noteikšanā | |
| Tam ir lielāka efektivitāte polimorfisma noteikšanā nekā RFLP. | Tas ir mazāk efektīvi, salīdzinot ar AFLP. |
| Izmaksas | |
| Tas ir nedaudz dārgi, salīdzinot ar RFLP. | Tas ir lētāk, salīdzinot ar AFLP. |
| Pieteikumi | |
| AFLP ir izmantoti genoma kartēšanai, DNS pirkstu nospiedumu noņemšanai, ģenētiskās daudzveidības pētījumiem, paternitātes testēšanai un kriminālistikai | RFLP analīze ir svarīgs līdzeklis genoma kartēšanā, ģenētisko traucējumu gēnu lokalizācijā, slimību riska noteikšanā un paternitātes testēšanā. |
Kopsavilkums - AFLP vs RFLP
AFLP un RFLP ir divas metodes, ko izmanto kā ģenētiskos marķierus, lai novērtētu daudzveidību un novērtētu ģenētiskās attiecības molekulārajā bioloģijā. AFLP kalpo kā efektīva un jutīga metode ģenētiskā polimorfisma noteikšanai starp organismiem nekā RFLP. Lai gan abām šīm metodēm ir atšķirīga efektivitāte ģenētisko variāciju noteikšanā, tās joprojām tiek izmantotas DNS pirkstu nospiedumu noņemšanai un slimību diagnostikai.
