Galvenā atšķirība - RAPD pret RFLP
Ģenētiskie marķieri tiek izmantoti molekulārajā bioloģijā, lai identificētu ģenētiskās variācijas starp indivīdiem un sugām. Nejaušā amplificētā polimorfā DNS (RAPD) un ierobežojuma fragmenta garuma polimorfisms (RFLP) ir divi svarīgi molekulārie marķieri, kurus regulāri izmanto laboratorijās. RAPD tiek veikts ar īsiem un patvaļīgiem oligonukleotīdu primeriem, un tas ir balstīts uz vairāku vietu nejaušu amplifikāciju visā organisma DNS matricā. RFLP tiek veikts ar specifisku restrikcijas endonukleāzi, un tas ir balstīts uz iegūto restrikcijas fragmentu un hibridizācijas polimorfismu. Galvenā atšķirība starp RAPL un RFLP ir tā, ka RAPD ir PĶR paņēmiena veids, kas tiek veikts bez iepriekšējām zināšanām par secību, turpretī RFLP nav iesaistīts PĶR, un, lai veiktu tehniku, nepieciešamas iepriekšējas zināšanas par secību.
SATURS
1. Pārskats un galvenās atšķirības
2. Kas ir RAPD
3. Kas ir RFLP
4. Blakus salīdzinājums - RAPD vs RFLP
5. Kopsavilkums
Kas ir RAPD?
RAPD ir noderīgs molekulārais marķieris molekulārajā bioloģijā. Tā ir ātra un vienkārša tehnika. RAPD var definēt kā metodi, kuras rezultāts ir polimorfas DNS sekvences nejaušas amplifikācijas rezultātā vairākās mērķa DNS matricas vietās. RAPD izmanto īsus oligonukleotīdu primerus ar patvaļīgām sekvencēm PCR amplifikācijai. Primeri tiek mākslīgi sintezēti bez iepriekšējām secības zināšanām. Tādējādi tas tiek uzskatīts par vieglu un noderīgu paņēmienu.
RAPD ir iesaistīti šādi galvenie soļi.
- Mērķa DNS ieguve
- Mērķa DNS vairāku atrašanās vietu pastiprināšana, izmantojot nejauši izvēlētus primerus
- Amplificēto PCR produktu gēla elektroforēze
- Krāsošana ar etidija bromīdu un polimorfisma identificēšana
Gruntēšanas atlaidināšanas variācijas rezultātā amplifikācijas laikā rodas dažādi fragmenti ar dažādu garumu. Tādējādi indivīdu un sugu joslu modeļi uz gēliem ir atšķirīgi. Tādējādi RAPD ļauj noteikt ģenētiskās variācijas organismu identificēšanā un diferenciācijā.
RAPD tiek izmantots dažādos molekulārās bioloģijas pētījumos, piemēram, ģenētiskās atšķirības noteikšanā starp cieši saistītām sugām, gēnu kartēšanu, DNS pirkstu nospiedumu noņemšanu, iedzimtu slimību identificēšanu utt.
01. attēls: RAPD
Kas ir RFLP?
Ierobežojuma fragmenta garuma polimorfismi (RFLP) ir molekulārais marķieris, ko molekulārajā bioloģijā izmanto, lai identificētu ģenētiskās variācijas homoloģiskās DNS sekvencēs. Tas ir pirmais ģenētiskais marķieris, kas izstrādāts DNS pirkstu nospiedumu noņemšanai. Visi organismi rada unikālus DNS profilus, ja tos ierobežo ar specifiskiem restrikcijas enzīmiem. RFLP kalpo kā svarīgs instruments, lai izveidotu unikālus indivīdu DNS profilus un noteiktu ģenētiskās variācijas starp viņiem. Kad DNS paraugi tiek sagremoti ar specifiskām restrikcijas endonukleāzēm, tas dod atšķirīgus DNS profilus, kas ir unikāli katram indivīdam. Tāpēc šīs metodes princips ir ģenētisko variāciju noteikšana starp organismiem, ierobežojot homologo DNS ar specifiskiem restrikcijas enzīmiem, un fragmenta garuma polimorfisma analīze, izmantojot gēla elektroforēzi un blotēšanu. Blotēšanas modeļi ir unikāli katram organismam un raksturo specifiskos genotipus.
Ar RFLP ir saistītas šādas darbības.
- Pietiekama DNS daudzuma izolēšana no paraugiem
- DNS paraugu ar specifiskām restrikcijas endonukleāzēm sadrumstalotība īsā secībā
- Iegūto dažādu garumu fragmentu atdalīšana ar agarozes gēla elektroforēzi.
- Gēla profila pārnešana membrānā ar Southern blot metodi
- Membrānas hibridizācija ar marķētām zondēm un fragmenta garuma polimorfisma analīze katrā profilā
RFLP ir dažādas lietojumprogrammas, piemēram, mantojuma slimību diagnostika, genoma kartēšana, noziedznieku identificēšana kriminālistikas pētījumos, paternitātes pārbaude utt.
02. attēls: RFLP genotipēšana
Kāda ir atšķirība starp RAPD un RFLP?
Atšķirīgs raksts vidū pirms tabulas
RAPD pret RFLP |
|
| RAPD ir molekulārs marķieris, kas balstīts uz nejaušiem primeriem un PCR. | RFLP ir molekulārs marķieris, kura pamatā ir dažādu garuma ierobežošanas fragmentu ražošana. |
| Nepieciešamais paraugs | |
| RAPD analīzei pietiek ar maziem DNS paraugiem. | RFLP analīzei nepieciešams liels daudzums ekstrahēta DNS parauga. |
| Laiks | |
| RAPD ir ātrs process. | RFLP ir laikietilpīgs process. |
| Lietošana gruntēšanai | |
| Tiek izmantoti nejauši izvēlēti grunti, un dažādas sugas var izmantot tos pašus. | Hibridizācijai RFLP izmanto sugām raksturīgas zondes. |
| Uzticamība | |
| Tehnikas uzticamība ir mazāka, salīdzinot ar RFLP. | RFLP ir uzticams paņēmiens. |
| Blotēšana | |
| RAPD ietver dienvidu blotēšanu. | Southern blotting ir viens RFLP solis. |
| Alēlisko variāciju noteikšana | |
| RAPD nevar noteikt alēnas variācijas. | Alēliskās variācijas var noteikt ar RFLP palīdzību. |
| Nepieciešamība pēc secības zināšanām | |
| RAPD neprasa iepriekšējas zināšanas par secību. | Zondes projektēšanai ir nepieciešamas iepriekšējas secības zināšanas. |
| PCR | |
| PCR ir iesaistīts RAPD | PCR nav iesaistīts RFLP. |
| Reproducējamība | |
| RAPD reproducējamība ir zema | RFLP ir augsta reproducējamība salīdzinājumā ar RAPD. |
Kopsavilkums - RAPD pret RFLP
RAPD un RFLP ir svarīgi marķieri, ko izmanto molekulārajā bioloģijā. Abas metodes spēj noteikt organismu ģenētiskās variācijas. RAPD tiek veikts, izmantojot nejaušus gruntējumus. RFLP tiek veikta, izmantojot specifiskus restrikcijas enzīmus. Abas metodes rada DNS profilus, kas raksturīgi tikai atsevišķiem organismiem. RAPD ir iesaistīts salīdzinoši maz soļu nekā RFLP. Bet tas rada mazāk ticamus un reproducējamus rezultātus nekā RFLP. Šī ir galvenā atšķirība starp RAPD un RFLP.
