Galvenā atšķirība starp fotosintēzi un fotospirāciju ir tā, ka fotosintēze ir process, kurā fotoautotrofi, galvenokārt zaļie augi, aļģes un cianobaktērijas, no oglekļa dioksīda un ūdens ražo ogļhidrātus un skābekli, izmantojot enerģiju saules gaismā, savukārt fotorezpirācija ir blakusreakcija, kurā enzīms RuBisCO skābē RuBP, izraisot fotosintēzes laikā iegūtās enerģijas izšķērdēšanu.
Fotosintēze un fotorespirācija ir divi procesi, kas notiek augos. Tomēr fotosintēze ir svarīgs process, savukārt fotospirācija ir izšķērdīgs process. Daļa enerģijas un fiksētā oglekļa tiek izšķērdēta fermenta, ko sauc par RuBP oksigenāzes-karboksilāzes, fotospirāciju. Tādējādi fotospirāciju var dēvēt par procesu, kas samazina fotosintēzes efektivitāti augos.
