Galvenā atšķirība starp atlases stabilizēšanu un līdzsvarošanu ir tāda, ka atlases stabilizēšana ir dabiskas atlases veids, kas veicina populācijas vidējos fenotipus, savukārt atlases līdzsvarošana ir vairāku gēnu alēļu uzturēšana populācijā, lai uzlabotu ģenētisko daudzveidību.
Stabilizējošā atlase ir dabiskās atlases veids, kas attiecas uz fenotipisko iezīmi. Tas dod priekšroku vidējiem fenotipiem populācijā. Tāpēc tas novērš abus ekstrēmo fenotipu veidus. Galu galā tas veido vienotu populāciju. Izlases līdzsvarošana ir vairāki selektīvi procesi, kas uztur izdevīgu ģenētisko daudzveidību populācijā, saglabājot vairākas gēna alēles. Tāpēc tas attiecas uz gēnu lokusu.