Galvenā atšķirība starp primārajām un sekundārajām aliliskā karbokācijām ir tāda, ka primārā aliliskā karbokācija ir mazāk stabila nekā sekundārā aliliskā karbokācija.
Aliliskā karbokācija ir rezonansē stabilizēta oglekļa struktūra. Tas ir jons, kas satur pozitīvu lādiņu. Šajos jonos pozitīvais jons tiek novietots uz alilgrupas oglekļa atoma (alilgrupas oglekļa atoms ir blakus esošais atoms divkāršajai saitei). Primārā alilgrupas karbokācija ir alilgrupas karbokācija, kurā pozitīvais lādiņš tiek uzlikts uz primārā oglekļa atoma, savukārt sekundārā aliliskā karbokācija ir alilgrupas karbokācija, kur pozitīvais lādiņš ir novietots uz sekundārā oglekļa atoma.
