Galvenā atšķirība starp brīvo amonjaku un kopējo amonjaku ir tā, ka termins brīvais amonjaks attiecas uz gāzveida NH 3 molekulām, savukārt termins kopējais amonjaks attiecas uz NH 3 molekulu un amonija jonu summu.
Amonjaks ir toksiska, gāzveida viela ar ķīmisko formulu NH 3. Bioloģiskajās sistēmās amonjaks var rasties divos veidos: jonizētā formā un kā savienotajā formā. Jonizētā forma ir amonija jons, kura ķīmiskā formula ir NH 4 +.