Galvenā atšķirība starp sākuma kodonu un stop kodonu ir tāda, ka sākuma kodons ir trinukleotīdu secība, kas iezīmē sekvencijas sākumu, kas pārveidojas par olbaltumvielu, savukārt stop kodons ir trinukleotīdu secība, kas iezīmē secības beigas, kas pārveidojas par olbaltumvielu.
Gēna ģenētiskajā kodā ir norādījums, kas nepieciešams konkrēta proteīna ražošanai. Tas satur trinukleotīdu sekvences, kas pazīstamas kā kodoni. Katrs kodons norāda aminoskābi. Aminoskābes ir olbaltumvielu celtniecības bloki. Katra gēna ģenētiskais kods sākas ar sākuma kodonu un beidzas ar stop kodonu. Tāpēc sākuma kodons iezīmē vietu, kur sākas tulkošana olbaltumvielās. Savukārt stop kodons iezīmē vietu, kur beidzas tulkošana olbaltumvielās. Tāpēc šos divus kodonus mēs varam identificēt kā divus pieturzīmes ģenētiskajā kodā. Abas ir specifiskas trinukleotīdu sekvences.
