Galvenā atšķirība starp molekulāro dokošanu un vērtēšanu ir tā, ka dokošana ir metode, ko izmanto, lai noteiktu saistīšanās afinitāti starp divām molekulām, savukārt vērtēšana ir process, kurā tiek novērtēta konkrēta poza, saskaitot labvēlīgo starpmolekulāro mijiedarbību skaitu.
Molekulārās modelēšanas jomā tiek izmantoti termini molekulārā piestiprināšana un vērtēšana. Molekulārā modelēšana ir metode, ko izmanto, lai noteiktu dažādu molekulu iespējamos izvietojumus konkrētajā vielā. Šī tehnika ir svarīga jaunu stabilu savienojumu radīšanā.
