Galvenā atšķirība starp hnRNS un mRNS ir tā, ka hnRNS ir neapstrādāts priekšlaicīgs mRNS transkripts, kas satur intronus, savukārt mRNS ir apstrādātā RNS, kas nesatur intronus.
Ir dažādi RNS veidi, un hnRNS un mRNS ir divi to veidi. Heterogēna kodola RNS, kas pazīstama arī kā pre-mRNS, ir primārā transkripta veids, ko ražo kodola iekšienē. Kad ir veikta pre-mRNS, tā tiek pēc transkripcijas pārstrādāta funkcionālā mRNS, kuru var pārvērst par citoplazmas olbaltumvielu. Tāpēc hnRNS tiek sintezēts no DNS šablona, un tā ir jaunizveidota RNS pirms apstrādes. mRNS ir RNS secība, kas satur ģenētisko informāciju olbaltumvielu ražošanai. Pēc apstrādes tā ir RNS forma. Turklāt mRNS pārnēsā ģenētiskos kodonus no DNS kodolā līdz ribosomām olbaltumvielu sintēzei.
