Galvenā atšķirība starp V tipa un F tipa ATPāzi ir tāda, ka V tipa ATPase darbojas kā ATP virzīts jonu sūknis, savukārt F tipa ATPase šūnās darbojas kā ATP sintāze.
ATPāze ir termins, kas attiecas uz fermentiem, kas spēj hidrolizēt ATP. Parasti ATPāzes sadalās ATP un reakcijas laikā izdalītā enerģija tiek izmantota darba veikšanai, jo ATP ir enerģijas valūta, kas nodrošina enerģiju visiem šūnu procesiem. ATP sadalījumam nepieciešamas ATPāzes. Tāpēc ATPāzes samazina ATP hidrolīzes aktivācijas enerģiju. Ir četri galvenie ATPāzes veidi kā F-ATPāzes, V-ATPāzes, A-ATPāzes un P-ATPāzes. V tipa ATPāzes galvenokārt atrodamas eikariotu šūnu vakuolās. Turpretī F tipa ATPāzes ir atrodamas baktēriju plazmas membrānās, mitohondriju iekšējā membrānā un hloroplastos. Tie katalizē ATP hidrolīzi vai sintēzi, savienojoties ar H + (vai Na +) transportu caur membrānu.
