Galvenā atšķirība starp autologo un alogēno cilmes šūnu transplantāciju ir tāda, ka autologo cilmes šūnu transplantācijas laikā transplantācijā tiek izmantotas pašu šūnas, savukārt alogēnu cilmes šūnu transplantācijas gadījumā donors pirms transplantācijas tiek saskaņots un pēc tam ievadīts.
Cilmes šūnu transplantācija ir metode, ko galvenokārt izmanto vēža ārstēšanā. Cilmes šūnu transplantācijā tiek ievadītas cilmes šūnas ar piemērotām uzlabotām īpašībām, lai tās attīstītos par imunoloģiskām šūnām, kas spēj iznīcināt vēža šūnas. Tās cita funkcija ir aizsargāt ķermeņa ļaundabīgās šūnas. Autologu un alogēnu cilmes šūnu transplantācija ir divu veidu cilmes šūnu transplantācijas paņēmieni. Autologo cilmes šūnu transplantācijā transplantācijai tiek izmantotas pašas cilmes šūnas, bet alogēno cilmes šūnu transplantācijā - saskaņota donora cilmes šūnas.
