Galvenā atšķirība starp alogēno un autologo transplantāciju ir atkarīga no cilmes šūnu avota transplantācijai. Alogēnā transplantācijā tiek izmantotas jaunas cilmes šūnas no cita donora, savukārt autologā transplantācijā tiek izmantotas pacienta pašas cilmes šūnas.
Cilmes šūnas ir nediferencētas šūnas, kas var sadalīties un diferencēties cita veida šūnās. Līdz ar to šīm šūnām ir spēja sevi atjaunot. Tāpēc tie ir mūsu orgānu un audu pamats. Turklāt tie darbojas kā mūsu ķermeņa remonta sistēma. Tā kā cilmes šūnas spēj ražot vairāk viena tipa meitas šūnas vai diferencēties noteiktos šūnu tipos, tās tiek izmantotas cilmes šūnu terapijā, lai nepareizi funkcionējošus vai slimus audus aizstātu ar veseliem audiem. Cilmes šūnu terapija var būt vai nu alogēna, vai autoloģiska. Tas ir atkarīgs no jaunajām cilmes šūnām, ko izmanto, lai aizstātu audus transplantācijas laikā. Cilmes šūnu terapijā, ja izmantotās cilmes šūnas ir pacienta pašas, to sauc par autologu transplantāciju. Bet, ja tas ir no cita donora, to sauc par alogēnu transplantāciju.
