Galvenā atšķirība starp hemocianīnu un hemoglobīnu ir tā, ka hemocianīns ir vara saturošs ārpusšūnu elpošanas pigments, kas atrodas dažās bezmugurkaulnieku asinīs, bet hemoglobīns ir dzelzi saturošs intracelulārs elpošanas pigments, kas atrodas mugurkaulnieku asinīs.
Aerobos organismos gāzu apmaiņa notiek caur asinīs esošajiem metaloproteīniem. Tāpēc hemocianīns un hemoglobīns ir divi metaloproteīni, kas atvieglo gāzu apmaiņu attiecīgi bezmugurkaulniekiem un mugurkaulniekiem. Hemocianīns ir vara saturošs elpošanas pigments, kas atrodams suspendēts bezmugurkaulnieku hemolimfā. Turpretī hemoglobīns ir dzelzi saturošs elpošanas pigments, kas saistīts ar mugurkaulnieku sarkanajām asins šūnām. Ar skābekli bagātinātā hemocianīna forma ir zilā krāsā. Bet skābekļa saturošai hemoglobīna formai ir spilgti sarkana krāsa.
