Galvenā atšķirība starp asins smadzeņu barjeru un asins CSF barjeru ir tā, ka asins smadzeņu barjera ir barjera, kas atdala asins audus un smadzeņu audus, savukārt asins CSF barjera ir funkcionāla barjera, kas atdala asins audus un cerebrospinālo šķidrumu.
Asins smadzeņu barjera un asins CSF barjera ir divi aizsargbarjeri smadzenēs. Tie ir svarīgi arī molekulu transportēšanai pa smadzenēm un perifēro asins audiem. Turklāt abām barjerām ir cieši savienojumi, kas atvieglo netoksisku savienojumu pārvietošanos uz smadzenēm.