Galvenā atšķirība starp pērtiķiem un šimpanzēm ir tā, ka lielākajai daļai pērtiķu sugu ir astes, savukārt šimpanzei nav astes.
Pērtiķis un šimpanze ir divi primāti. Viņiem ir gan līdzības, gan atšķirības, kaut arī tie pieder vienai primātu grupai. Tomēr evolūcijas aspektā šimpanzes izrāda lielāku tuvību cilvēkiem nekā pērtiķi. Turklāt abu šo dzīvnieku lielāka smadzeņu kapacitāte ir padarījusi viņus ļoti saprātīgus un taktiskus, lai atrastu barību un pajumti dzīvošanai. Tomēr ir izteikti atšķirība starp monekiju un šimpanzi dažādu īpašību, piemēram, ķermeņa formas un stāju ziņā.
