Galvenā atšķirība starp metagenomiku un metatranskriptomātiku balstās uz katrā apgabalā pētīto biomolekulu tipu. Metagenomika pēta DNS, tās secības un uzvedību organismos, savukārt metatranskriptomātika pēta pierakstīto DNS, galvenokārt mRNS sekvences un tās uzvedību organismos.
Metagenomika un metatranscriptics ir divas jomas, kas gadu gaitā ir ieguvušas lielu popularitāti attiecībā uz mikrobu kopienu. Tie ir svarīgi veselības aprūpē, rūpniecībā un lauksaimniecības biotehnoloģijā. Gan metagenomika, gan metatranscriptics ļauj izpētīt atsevišķus organismus sabiedrībā un to funkcionālās lomas, kas ir vai nu izdevīgas, vai kaitīgas.
