Galvenā atšķirība - Probe vs Primer
Molekulārā zonde ir mazs DNS vai RNS fragments, kas atpazīst komplementārās sekvences DNS vai RNS un ļauj identificēt mērķa secību. Primer ir neliels DNS vai RNS posms, kas kalpo par sākumpunktu DNS sintēzei. Gruntskrāsas un zondes hibridizējas ar matricas DNS vai mērķa DNS komplementāriem nukleotīdiem. Tomēr galvenā atšķirība starp zondi un gruntskrāsu ir tāda, ka grunts ir nepieciešamas DNS replikācijai, savukārt zondes ir nepieciešamas specifisku sekvencju noteikšanai parauga DNS.
SATURS
1. Pārskats un galvenās atšķirības
2. Kas ir zonde
3. Kas ir grunts
4. Blakus salīdzinājums - zonde pret grunti
5. Kopsavilkums
Kas ir zonde?
Zonde ir neliels DNS vai RNS fragments, ko izmanto, lai molekulārā hibridizācijā noteiktu mērķa DNS vai RNS paraugā. Tie ir pazīstami arī kā molekulārie marķieri. Zondes garums var atšķirties (no 100 līdz 1000 bāzēm), un zondes nukleotīdi ir komplementāri mērķa secības daļai. Atklāšanas ērtībai zondes marķē ar radioaktīvajiem izotopiem vai ar fluorescējošām krāsvielām vai antivielām. Zondes saistās ar mērķa secības komplementārajām bāzēm un atklāj mērķa DNS vai RNS klātbūtni paraugā. Ir divas galvenās zondu marķēšanas metodes: gala marķēšana un segvārdu tulkošana. Zondes tiek iedalītas dažādos veidos, ieskaitot DNS, RNS, cDNa un sintētisko oligonukleotīdu zondes, un tās sagatavo, izmantojot dažādas metodes.
Zondes ir svarīgi instrumenti daudzās mikrobu un molekulārajās jomās, piemēram, viroloģija, tiesu medicīnas patoloģija, paternitātes pārbaude, DNS pirkstu nospiedumu noņemšana, ģenētisko slimību noteikšana, RFLP, molekulārā citoģenētika, in situ hibridizācija utt.
01. attēls: Fluorescenti marķēta zonde, ko FISH izmanto patogēnu noteikšanai
Kas ir grunts?
Primer ir īss DNS vai RNS fragments, kas kalpo kā ierosinātājs DNS sintēzei. DNS polimerāzes enzīms pievieno nukleotīdus primer secības 3 'OH grupai un sintezē jauno virkni, kas komplementārs matricas DNS. Primeri ir ļoti īsi fragmenti ar garumu no 18 līdz 20 nukleotīdiem. Tie tiek ķīmiski sintezēti laboratorijā in vitro DNS amplifikācijai (PCR). Primeriem var būt jebkura nukleotīdu secība, jo tos ir izstrādājis lietotājs. Tie tiek sintezēti, lai tie atbilstu DNS matricas komplementārajām bāzēm. Tāpēc tam var būt jebkura nukleotīdu secība. Gruntskrāsām ir ārkārtīgi liela nozīme DNS replikācijā, jo DNS polimerāze nespēj sintezēt jaunu DNS bez iepriekš pastāvoša DNS gabala. Izstrādājot gruntējumus PCR, jāņem vērā šādas lietas:
- Primeriem jāietver komplementāri nukleotīdi DNS blakus esošajam galam, kas vēlas pastiprināties.
- Grunts kušanas temperatūrai jābūt no 55 līdz 65 0 C
- G un C saturam jābūt no 50 līdz 60%.
Divi primeri tiek izmantoti PCR kā uz priekšu un atpakaļ, lai atkārtotu abas parauga DNS virknes. Primerus parasti izmanto, lai veiktu PCR un DNS sekvencēšanu.
02. attēls: grunts atlaidināšana PCR
Kāda ir atšķirība starp zondi un grunti?
Atšķirīgs raksts vidū pirms tabulas
Zonde vs grunts |
|
| Zonde ir neliels DNS / RNS fragments, ko izmanto, lai molekulārā hibridizācijā noteiktu mērķa secības klātbūtni paraugā. | Primer ir neliels DNS vai RNS posms, kas kalpo par sākumpunktu DNS replikācijai. |
| Funkcija | |
| Tas nosaka noteiktas sekvences klātbūtni DNS vai RNS paraugā. | Tas darbojas kā sākumpunkts DNS sintēzei. |
| Garums | |
| Garums var būt diapazonā no 100 līdz 1000 bāzēm | Garums parasti ir apmēram 18 - 20 bāzes |
| Saistīšana ar papildsekvenci | |
| Zonde hibridizējas ar mērķa secības komplementārajām bāzēm | Primer piesaista ar DNS virkņu komplementārajām bāzēm. |
| Marķēšana | |
| Zondes ir marķētas, lai tās būtu vieglāk noteikt | Gruntskrāsas parasti nav marķētas |
| Izmantot PCR | |
| Zondes netiek izmantotas PCR | Gruntējumus izmanto PCR |
Kopsavilkums - Probe vs Primer
Zonde ir neliels DNS vai RNS secības fragments, ko var hibridizēt ar komplementāriem nukleotīdiem, lai paraugā noteiktu mērķa secību. Zondes tiek iezīmētas radioaktīvi, imunoloģiski vai fluorescējoši, lai redzētu mērķa secības klātbūtni. Primer ir ļoti mazs DNS vai RNS fragments, kas darbojas kā sākumpunkts DNS amplifikācijai in vitro. DNS polimerāze identificē 3 'OH grupas primerus un sāk veidoties jauna virkne, kas papildina matricu. Zondes un gruntskrāsas darbojas līdzīgi, hibridizējoties ar komplementāriem nukleotīdiem. Tādējādi galvenā atšķirība starp zondi un grunti ir to galvenā funkcija.
