Galvenā atšķirība starp alfa un beta spirāli ir atkarīga no ūdeņraža savienojuma veida, ko tie veido, veidojot šīs struktūras. Alfa spirāles veido intra-molekulāras ūdeņraža saites, bet beta spirāles veido starpmolekulāras ūdeņraža saites.
Kompleksiem proteīniem ir četri strukturālie organizatoriskie līmeņi - primārais, sekundārais, terciārais un kvartārais. Olbaltumvielu sekundārās struktūras veido peptīdu ķēdes dažādās orientācijās. Peptīdu ķēdes sastāv no aminoskābju sekvencēm, kuras saista peptīdu saites. Tāpēc olbaltumvielās ir divas galvenās sekundārās struktūras kā alfa spirāle un beta spirāle. Turklāt ir arī citas sekundārās struktūras, ko sauc par beta pagrieziena un matadata struktūrām. Galvenokārt šajā rakstā galvenā uzmanība tiek pievērsta atšķirībai starp alfa un beta spirāli.
