Galvenā atšķirība starp bioreaktoru un fermentatoru ir bioķīmiskās reakcijas veids, kas notiek slēgto trauku iekšpusē. Bioreaktors atvieglo visu veidu bioķīmiskās reakcijas, bet fermentators atvieglo tikai fermentāciju.
Biotehnoloģijas pielietojums nozarē ir interesanta zinātnes joma. Šie pielietojumi atšķiras no mikrobu lietojumiem līdz lietošanai uz dzīvniekiem. Turklāt biotehnoloģijas rūpnieciskie pielietojumi dažādās galvenajās jomās, piemēram, lauksaimniecībā, medicīnā un dažādās nozarēs, atšķiras. Bioreaktori ir slēgti trauki, kuros tiek radīti nepieciešamie apstākļi, lai veicinātu dažāda veida bioķīmiskās reakcijas. Fermentatori pieder pie bioreaktoru grupas, bet īpaši tas ir paredzēts tikai fermentācijas veikšanai.
