Galvenā atšķirība starp parenhīmas un mezenhimālajām šūnām ir tā, ka parenhīmas šūnas nespēj atšķirt, savukārt mezenhimālās šūnas spēj diferencēties.
Daudzšūnu organismos ir dažādi šūnu veidi, kas nepieciešami dažādām bioloģiskām funkcijām. Tāpēc tie ir svarīgi dažādos dzīves posmos vai visā organisma dzīves laikā. Tāpat parenhīmas šūnas un mezenhimālās šūnas ir divi šādi šūnu veidi daudzšūnu organismos. Parenhīmas šūnas atrodas galvenokārt augos. Šīs šūnas nevar atšķirt, un galvenā funkcija ir darboties kā augu uzglabāšanas vietai. No otras puses, mezenhimālās šūnas ir multipotentās šūnas, kurām ir iespēja diferencēties. Viņi daudzšūnu organismā diferencējas daudzos šūnu veidos.
