Galvenā atšķirība starp baktēriju endosporām un sēnīšu sporām ir divu veidu sporu šūnu organizācija. Baktēriju endosporas ir pasīvās struktūras, kas atrodas prokariotu baktērijās. Sēnīšu sporas ir reproduktīvās struktūras, kas atrodas eikariotu sēnēs.
Baktēriju šūnās atrodas baktēriju endosporas, un tās ir pasīvās struktūras, kas var izdzīvot skarbajos vides apstākļos. Līdz ar to šīs endosporas dīgst, kad tiek izpildīti piemēroti vides apstākļi. Turpretim sēnīšu sporas ir eksosporas, kas izdalās sporulācijai uz ārpusi.
