Transposon vs Retrotransposon
Transposoni un retrotranspozoni ir DNS ģenētiskās sastāvdaļas, un starp tām ir lielas atšķirības. Šo ģenētisko materiālu procentuālā klātbūtne dažādās sugās ir atšķirīga, un to funkcijas nosaka organisma likteni ar mutācijām un citām fenotipiski svarīgām izmaiņām. Transpozoni un retrotranspozoni ir gēni vai noteiktu gēnu kolekcijas, kas atrodas DNS virknēs, un to atrašanās vietas izmaiņas ir bijušas šo seku galvenie cēloņi. Tomēr šī raksta mērķis ir īsi apspriest šo gēnu funkcijas un iepazīstināt ar transposonu un retrotransposonu salīdzinājumu.
Kas ir Transposon?
Transposoni ir interesanti DNS fragmenti vai segmenti ar spēju mainīt DNS virknes atrašanās vietu sagrieztu un ielīmētu mehānismu veidā. Šīs transposonu mobilās īpašības dēļ tos sauc par lecošajiem gēniem. Transposoni ir divu galveno veidu, kas pazīstami kā I klases transposoni un II klases transposoni. Parasti II klases tips tiek saukts par transpozoniem un I klases veids - par retrotransponiem. Mobilo DNS segmentu griešanas un ielīmēšanas procesus regulē enzīms transposāze. Ferments saistās ar abiem transpozona galiem un sagriež DNS virknes fosfodiesteru saites, izolē transpozonu, pārvieto to uz mērķa vietu un saistās jaunajā vietā. Tomēr šo procesu ir interesanti saprast,jo daži transpozoni var pārvietoties tikai uz noteiktām vietām tikai tāpēc, ka bāzes secības nav saderīgas ar mērķa vietni. Gēniem ar vienas ķēdes vienu galu ir tāda pati bāzes secība kā otras vienas virknes otrā galā, tie ir transposoni ar lipīgām malām, jo tie var saistīties ar mērķa DNS virknes vietām ar tādu pašu bāzes secību kā lipīgajos galos.. Tomēr šī gēnu mobilitāte var izraisīt gan genotipa, gan organisma fenotipa izmaiņas. Pēc tam zinātnieki izgudroja par transposoniem un ģenētiski modificētu pārtiku un organismiem atbilstoši vēlamajām pielāgošanai. Ļoti ražīgas lauksaimniecības kultūras, antibiotikas ar ārstnieciskām īpašībām,lauksaimniecības dzīvnieki bija daži no izdevīgi izstrādātajiem produktiem pēc tam, kad 1940. gadā Barbara Makklintoka izgudroja transpozonus.
Kas ir Retrotransposon?
Retrotransposons are the Class I transposons, and these move through the genome through the mechanism of copy and paste. The mechanism of the mobility of retrotransposons involves few major steps such as copying of the gene segment of the DNA strand into RNA, transfer of the copy of RNA to the target site, transcription of the RNA sequence back to DNA using reverse transcriptase, and insertion of the gene into the new location of DNA strand of genome. The two ends of these retrotransposons usually have long terminal repeats with about 1000 base pairs, and those are used as identification features of these genes. These genes are easily amplified inside the genome, and the percentage of the retrotransposons in the human genome is about 50%. These could be quite dangerous as the causative virus of AIDS, HIV, and T-cell leukaemia virus have the retrotransposons in their RNA genomes. In fact, these viruses can bind the retrotransposons into any site of the human DNA strands with the use of reverse transcriptase and integrase. The integrase enzyme functions the same way as transposase in Class II transposons.
Kāda ir atšķirība starp Transposon un Retrotransposon?
• Transpozoni ir II klases lecošie gēni, savukārt retrotranspozoni ietilpst I klases kategorijā.
• Transpozoni darbojas ar transpozāzes enzīmu, turpretī retrotranspozoni darbojas, izmantojot divus galvenos enzīmus, kas pazīstami kā reversā transkriptāze un integrāze.
• Retrotranspozonos gala gali ir daudz garāki nekā transpozonos.
• transposoni tiek sagriezti no izcelsmes un ielīmēti mērķī; gluži pretēji, retrotranspozoni tiek kopēti no izcelsmes RNS un pārrakstīti mērķī.
• Retrotranspozonu pārvietošana ietver RNS, bet ne transpozonos.
