Galvenā atšķirība starp prototropiju un tautomerismu ir tāda, ka prototropijā tiek aplūkotas divas molekulas formas, kas atšķiras viena no otras tikai ar konkrēta protona stāvokli, savukārt tautomerismā tiek apspriesta divu strukturālo izomēru savstarpējā konversija, pārvietojot atomus vai saites.
Prototropija ir tautomerisma forma; tā ir visizplatītākā tautomerisma forma. Tautomerisms ir organiskās ķīmijas jēdziens, kas apraksta viena strukturālā izomēra pārveidošanu par citu izomēru, pārvietojot atomus vai saites. Ja pārvietošanās notiek protonā molekulā, tad mēs to saucam par prototropiju. Tādēļ šāda veida tautomerismu sauc par prototropo-tautomerismu.
