Galvenā atšķirība starp citotoksicitāti un genotoksicitāti ir tāda, ka citotoksicitāte ir toksiskuma šūnām kvalitāte, savukārt genotoksicitāte ir spēja sabojāt DNS un / vai šūnu aparātu, kas regulē genoma uzticamību.
Citotoksicitāte un genotoksicitāte ir divas ķīmisko aģentu vai zāļu īpašības. Citotoksicitāte ir toksiskuma šūnām kvalitāte, savukārt genotoksicitāte ir šūnas ģenētiskās informācijas bojāšanas kvalitāte, izraisot mutācijas. Dažas toksiskas ķīmiskas vielas var izraisīt gan citotoksicitāti, gan genotoksicitāti. Arī genotoksicitāte var izraisīt citotoksicitāti. No otras puses, citotoksicitāte var būt vai nebūt genotoksiska, jo ne visi citotoksiskie līdzekļi ir genotoksiski.