Galvenā atšķirība starp CRISPR un CRISPR Cas9 ir tā, ka CRISPR (regulāri klasterizēts īss palindromisks atkārtots starplikas) ir dabiski sastopams prokariotu imūnās aizsardzības mehānisms, savukārt CRISPR cas9 ir RNS vadīta Cas9 nukleāze, kas ir daļa no CRISPR adaptīvās imūnsistēmas.
CRISPR ir pretvīrusu aizsardzības imūnsistēma, kas atrodas baktērijās un arhejās. Tā ir DNS sekvenču saime, kas atrodama baktēriju genomā. Tas sastāv no starplikas secībām, kas iegūtas no bakteriofāgu DNS fragmentiem, kuri tos iepriekš bija inficējuši. Turpmākajās vīrusu infekcijās baktērijas izmanto šīs sekvences vīrusa DNS iznīcināšanai. CRISPR sekvencēm ir īsi palindromiski atkārtojumi un starpliku secības. Turklāt CRISPR atkārtotām starpliku sekvencēm bieži ir saistīti gēni, kas kodē Cas olbaltumvielas. Cas9 ir RNS vadīta endonukleāze. Kopā ar CRISPR sekvencēm Cas9 proteīns darbojas kā adaptīva imūnsistēma baktērijās pret bakteriofāgiem.
