Galvenā atšķirība starp centromēru un hromomēru ir tā, ka centromēra ir sašaurināts reģions, kas savieno māsas hromatīdus kopā hromosomā, bet hromomēra ir lineāri izvietota lodītes veida struktūra, kas atrodas visā hromosomas garumā.
Hromosoma ir pavedienveida struktūra, kas sastāv no nukleīnskābēm un olbaltumvielām. Tie satur organisma ģenētisko informāciju. Hromosomā ir vairāki atšķirīgi reģioni, ieskaitot hromatīdus, centromēru, hromomēru un telomēru. Centromēra ir redzamais sašaurināšanās punkts hromosomā. Tas savieno māsas hromatīdus un ir svarīgs šūnu dalīšanās laikā. Turpretim hromomeras ir cieši savītas hromatīns, kas atrodas visā hromosomas garumā. Tās parādās kā krelles uz auklas. Viņi pārnēsā gēnus mantojuma laikā.
